Fonterutoli è un centro abitato fin dagli Etruschi, come si può vedere da alcuni reperti ritrovati. Del periodo romano restano solo dei tratti di strada selciata. In un documento del 998 appare come il luogo dove l'Imperatore Ottone III stese un documento a favore della diocesi di Arezzo. Nella chiesa di San Miniato venne stipulato l'accordo che mise fine alle guerre tra Firenze e Siena, siamo nel 1201 e a Siena viene concessa l'annessione di Montalcino mentre a Firenze quella di Semifonte. Sempre nella stessa chiesa, nel 1208, le due repubbliche si impegnarono a mantenere la pace. Nel 1245 vi fu un ultimo incontro rivolto a dirimere le questioni territoriali tra le due città. Della chiesa di S. Miniato, e delle mura di cinta non rimane niente.
Di particolare interesse gli Agriturismi a Fonterutoli che sorgono in piccole borgate un tempo abitate dalle famiglie di contadini, piccoli complessi ristrutturati ed adibiti ad accoglienti agriturismi che regalano un atmosfera di giusto equilibrio tra la realtà contadina e la vita moderna di Fonterutoli.